Il Govi appunto divide la Metodologia in due parti: Metodologia generale o Logica propriamente detta e Metodologia speciale o Epistemologia. La Epistemologia ha come scopo primario e principale la conoscenza esatta di quello speciale scopo conoscitivo a cui ciascuna diversa ricerca è diretta, per poter poi determinare i mezzi e il procedimento per conseguirlo. Il Govi riduce a tre i diversi scopi conoscitivi legittimi della ricerca umana; questi tre scopi costituiscono lo scibile umano e sono irriducibili a uno solo, ossia sono essenzialmente diversi. Due sono scopi conoscitivi finali: la conoscenza teoretica o della realtà, la conoscenza pratica o di ciò che si deve o non si deve fare; il terzo consiste nelle conoscenze le quali sono mezzi per l'acquisizione delle precedenti. Si hanno dunque tre parti nella Epistemologia: scienza teorica o della realtà, scienza pratica, scienza strumentale. Da ciò tutta una analitica classificazione delle scienze. Il concetto di legittimo ha una grande importanza nel sistema del Govi (esso è parte della metodologia generale o scienza del giudizio): ogni giudizio, considerato in sé, è vero o falso; considerato soggettivamente, ossia come prodotto dell'attività del pensiero di chi lo fa, è legittimo o illegittimo. Un giudizio può essere conosciuto vero o falso solo in quanto è riconosciuto legittimo o illegittimo. Sono legittimi i giudizi che sono eguali in tutti gli uomini (che li abbiano o li facciano) e vengono formati in tutti egualmente: sono quindi legittimi i concetti primitivi formati naturalmente e senza dei quali non si può pensare, i concetti scientifici formati metodologicamente, i giudizi primitivi e i giudizi metodologicamente derivati dai giudizi legittimi.