Il processo che diremo ecclesiastico, perchè fatto da ecclesiastici, e concernente non la sola eresia ma anche la congiura, cominciò con la data del 1.° settembre 1599(351). Gli si diede il titolo "Inquisitionis acta contra Patres Fratres Thomam Campanellam, Dionisium de Neocastro, Jo. Baptistam de Pizzone et alios Inquisitos, Squillacensis" (intend. Squillacensis dioecesis), con la sottoscrizione "Marcianese Visitatore, Nizza". Percorrendo questo processo, il Visitatore fra Marco di Marcianise vi si trova sempre come protagonista, ma si rileva dalle prime carte fino alle ultime, ed anche da ciò che seguì, ogni cosa essere stata manipolata da fra Cornelio di Nizza, nella qualità espressa in più modi, di Socio della Visita, Segretario, Scriba e cancellario, Notario, talvolta anche coll'aureola di "dottore dell'una e dell'altra legge". Nell'esordio, in nome di Dio e della Beata Vergine, il Visitatore dice che per voce pubblica, non di malevoli ma d'individui degni di fede più illustri e religiosi, i suddetti frati hanno macchinato contro la Maestà Divina ed umana; enumera 36 capi di eresia e di ribellione che, il Campanella come settario, e gli altri come capi principali, fautori e complici, affermavano, comunicavano tra loro ed erano anche preparati a far credere agli altri; enuncia la deliberazione di procedere tanto per proprio ufficio, quanto per richiesta di D. Alonso il Governatore, di Carlo Spinelli Cavaliere e Consigliere di Stato, di tutti gli Ufficiali del Re e del molto Illustre e Rev.do Vescovo di Catanzaro.