Ed ecco la conclusione: "Meglio è che sia messo in custodia fino al tempo della predizione sua, sì che il popolo ne vegga la falsità, ovvero si penta acciò non accadano i mali quando siano veri; come avvisava Geremia... Che se avvenga danno al Regno, egli si offre di risarcirlo al doppio; poichè della morte sua il Regno non rimane edificato ma scandalizzato, laddove si verifichi qualche sciagura, come apparisce dalla perdita delle navi sofferta(136). "La morte è una cautela di mali futuri, non già de' passati: a ciò meglio provvede il carcere in materia di predizioni e novità". E ripigliando le sue considerazioni sul processo aggiunge di non dover morire, perchè non è ribelle nè di 1a nè di 2a intenzione, perchè non è convinto, perchè seguendo il fato predisse e desiderò preparare un bene da un male; e le inimicizie, tra tutti quelli che volevano ciò, mostrano non esservi stato tra loro alcun proposito di ribellare, poichè la cospirazione esige l'unione degli animi e molta confidenza, e tra loro non ve ne fu; vi fu abuso delle predizioni da parte di taluno. La ribellione non venne dimostrata con qualche atto, ma solo concepita nell'intenzione; null'altro il fisco può provare dal processo, ma non si può provarlo nemmeno dalle parole di fra Tommaso agli altri, poichè egli poteva altro dire ed altro intendere; ma dalle parole sue nel tormento non si prova l'intenzione di ribellare, bensì il contrario, e però contro di lui non c'è nulla. Finisce chiedendo i suoi libri e la facoltà di essere esaminato, e dimostrando che non si deve seguire il Palermitano, il quale dice che nel caso di delitto di ribellione il clerico ha da essere consegnato alla Curia secolare, poichè le teoriche di costui non sono soltanto erronee ma perfino eretiche(137).