Come avea cominciato fin da' primi momenti dell'arrivo nelle carceri di Napoli, egli continuò a comporre poesie e prose, e per determinare nel miglior modo la data rispettiva, sarà bene dividere in due il periodo anzidetto. Nel 1°, che va dal maggio 1600 al 2 agosto 1601, data della ricerca di scritture fatta dagli ufficiali del Castello, egli senza dubbio compose tutte le Poesie che furono trovate presso fra Pietro Ponzio, all'infuori di quelle che abbiamo veduto costituire un primo gruppo riferibile al periodo antecedente; inoltre compose o meglio ricompose il libro della Monarchia di Spagna. Nel 2°, che va dal 2 agosto 1601 in poi, egli pose mano alle opere filosofiche, cominciando dal portare a compimento l'Epilogo di Filosofia, o la Filosofia epilogistica, che si ricorderà essere stata trovata sotto la finestra del suo carcere, buttata giù al momento in cui vi entravano gli ufficiali del Castello.
      Al libro della Monarchia di Spagna egli attese certamente con la maggiore assiduità, avendolo ritenuto molto giovevole per la difesa della causa della congiura: dopo gli Articoli profetali, probabilmente dalla 2a metà del maggio 1600, dovè esser questa la sua unica occupazione seria, onde potè poi aggiungere di seconda mano il ricordo del libro nelle Difese già ricopiate. Noi ci siamo spiegati a lungo altrove intorno alla data della composizione della Monarchia (ved. vol. 1°, pag. 146-47) e ne abbiamo anche detto qualche altra cosa parlando delle Difese (ved. qui pag. 99 e 113); non sentiamo quindi la necessità di discorrerne ulteriormente.