Fra le segrete istruzioni che vennero date dal De Leyva a Dom Lorenzo Mugnez appena fu nominato Governatore, la principale era quella di sguarnire Como di difese, e guastarne e demolirne il più ch'ei potesse le fortificazioni, compiendo però tutto questo di maniera tale che apparisse fatto a solo interesse del governo del Duca, adducendone sempre motivi che valessero a togliere dall'animo dello Sforza ogni sospetto di causa opposta al proprio vantaggio. Infatti, dopo brevissimo tempo da che Mugnez Pedraria era Governatore, accadde che Gian Giacomo Medici, vinta e sconfitta la flotta Ducale, pervenne colle proprie navi sotto le mura di Como, mise a fiamme i sobborghi della città, e per poco stette non si rendesse assoluto padrone della città medesima. Colse tosto occasione da quel fatto il Governatore, che bramosissimo era di dare esecuzione ai comandi del De - Leyva, ch'ei riguardava come sola legittima autorità a lui superiore, e riferì al Duca che la sicurezza della città da esso governata richiedeva che si atterrassero tutte le opere forti esteriori, ed in ispecie il Castello, poichè avendosi moltiplicate prove dell'audacia e dell'abilità del Medici nell'impossessarsi delle Rocche le più diligentemente custodite, siccome aveva fatto di quelle di Chiavenna, di Morbegno, di Lecco, di Perego e di Incino, era da temersi che con qualche stratagemma potesse giungere ad ottenere anche le fortezze che contornavano Como, da dove avrebbe poi facilmente colle artiglierie costretta la città ad arrendersi; opinava quindi essere prudente ed utile partito lì concentrare le forze dentro le mura della sola città, dando tosto mano all'atterramento di tutte le esterne fortificazioni.