Per effetto di tale tremendo lavoro, innanzi che fosse trascorsa un'ora da che durava il conflitto, si vide manifestarsi l'incendio su due delle navi ducali, l'una del centro e l'altra dell'ala destra. Dietro neri globi di fumo si manifestarono in esse le fiamme uscenti da pria come lingue lambenti dalle aperture praticate nei fianchi, e impossessandosi poscia del cassero e di tutto il ponte, salirono pei cordaggi alle vele volteggiando nell'aria rosse, elevate, tramandando con immense scintille un fosco chiarore. Le navi che trovavansi vicine a quelle che ardevano, fecero forza di remi per allontanarsene, paventando che lo scoppio che doveva necessariamente susseguitare, dardeggiando fiamme e tizzi all'intorno, comunicasse loro l'incendio. Non andò molto infatti che la nave che abbruciava nel centro, da cui s'era appena scostato col suo legno l'ammiraglio Gonzaga, con immenso fragore spezzandosi, slanciò a considerevole altezza e distanza, fra tronche membra d'uomini, frantumi ardenti e scheggie d'armi e ferri arroventati, che ricadendo frizzando nell'acqua si spensero: così avvenne dell'altra allo stremo dell'ala destra della schiera.
      Questo fatto ruppe interamente le ordinanze della flotta ducale; per cui deviando ogni nave dalla linea in cui era stata primamente disposta, si spinse più d'appresso alle mussiane. Si formarono per tal modo impensatamente due distinti gruppi di combattimento, l'uno assai dentro il lago nello spazio da Varenna a Bellaggio, ed era tra l'ala destra e parte del centro coll'Ammiraglio ducale contro quattro navi, il Brigantino e le seguitanti barche del Castellano; e l'altro verso la sponda di Menaggio tra l'antiguardo mediceo e l'ala sinistra col rimanente del centro nemico.