Aveva pure intenzione di aprire un seminario a Locarno, che a grande bisogno sarebbe tornato per regolare quel paese nel credere e riformarlo nel vivere.
      Mandò anche Bernardino Mora al Beytag dei Grigioni per impetrare licenza di visitar la Valtellina ed il Chiavennasco, ma gli facevano impaccio i predicanti, che andavano spargendo sospetti sul suo conto. Lui, infine, esser nipote di quel Giangiacomo Medeghino il cui nome, dopo le acerbe guerre loro recate sul lago e in Valtellina, era tra i Reti rimasto terribile come la campana a martello. Vedessero quanto aveva operato in Val Mesolcina, dove non prima pose piede, che collocatosi in luogo forte stabilì un inquisitore e fece ogni suo talento: assai tornerebbe sospetta ai loro alleati Francesi la venuta del cardinale tutto ligio alla Spagna. E questi sussurri trovarono fede, onde, non che escluderlo, i predicanti commossero quei della val Pregalia a dare addosso ai missionari da lui mandati e metterli a processo(38). Fin tra le cure che gli ponevano assedio negli ultimi suoi giorni, il Borromeo s'occupava d'ottenere, se non pace, almeno tregua ai Cattolici: e teneva corrispondenza con re Filippo d'affari sì intimi che non si affidavano alle carte, ma si comunicavano a voce col Terranova, allora governatore del Milanese.
      Quando il fuoco è dentro, bisogna venga fuori il fumo: e il Borromeo veniva rapportato ai Grigioni di aver intesa cogli Spagnuoli per tornare ad essi la Valtellina. E per verità i duchi di Milano non ebbero mai deposta tale speranza, né per rata l'occupazione di quella importante valle e la cessione fattane per viva forza.