Le cose della religione poi erano tornate a peggio che mai per l'addietro non fossero. Ogni giorno nuovi editti, che pretendendo parole di libertà religiosa vietavano le indulgenze, tacciavano di superstizioso il culto del paese, cassavano le dispense, berteggiavano i decreti papali. Negli statuti di Valtellina, stampati il 1549, furono intrusi alcuni a favore dei Riformati. Nel 1585 trovandosi unite a Chiavenna le insegne dei Grigioni, conchiusero di nuovo intera libertà di religione; lo che, ed allora ed altre volte poi, significò persecuzione della cattolica. Eccedeva dunque il governo, eccedevano i magistrati cacciando i Gesuiti e cassando le donazioni lor fatte, processando i miracoli di san Luigi, proibendo la pubblicazione dei giubilei ed eccitando quistioni di giurisdizione, solito appiglio, eccedevano i predicanti contro i monumenti dell'avito culto, opera empia agli occhi dei Cattolici, impolitica agli occhi di tutti. Più eccedeva la ciurma e l'astinenza delle carni in quaresima(45), rubando ostensori e spargendo le particole, sfregiando tabernacoli, facendo smacchi ai sacerdoti nelle processioni del Sacramento, ed in quei devoti riti della settimana santa, che uom non può vedere senza sentirsi fin nell'intimo dell'animo commosso ad una patetica devozione.
      Né si creda che noi caviamo queste fosche dipinture dai soli Valtellinesi. Pascal ambasciatore francese, in una sua relazione, chiamava il governo grigio "esecrabile tirannia, che sovra il capo e le fortune dei buoni incrudelisce". Il Bottero verso il 1590 scrive: "In Valtellina i Cattolici sono fuor di modo straziati dai Grigioni, che puniscono con varj pretesti i preti e quei che si convertono, forzano i curati a celebrare matrimonj in gradi vietati, non consentono l'introdurre buoni sacerdoti forestieri, obbligano tutti alla messa ed alla predica degli eretici, onde i Cattolici sono costretti, per penuria di buoni ecclesiastici, servirsi d'apostati e d'uomini di mal affare e scandalosi, e divengono a poco a poco eretici".