L'origine stessa della costoro religione era un'eresia; prendeano a edificare una terza Chiesa accanto alla giudaica e alla cristiana; molti filosofi di quella gente consideravano le tre siccome pari, e siccome sviluppo l'una dell'altra; di tutte con egual libertà discutevano, e con maggiore il gran commentatore Averroé, che tratta di ciarlieri i teologi, e di fantasie le dispute su qualsiasi religione.
      Tormentato dalla febbre del sapere, Federico lo cercava interrogando anche i sapienti musulmani. Ad essi nel 1240 presentò varie quistioni, sull'eternità del mondo, il valore e numero delle categorie, la natura dell'anima, il metodo che conviene alla metafisica e alla teologia. Non soddisfatto da alcuno, s'indirizzò al califo almoade Rascid per sapere ove dimorasse Ibn Sabin di Murcia, e saputolo, mandògli quelle dimande. Il dotto arabo rispose come un pedante che vuol mostrare più scienza che non abbia, e finge esser costretto a dissimulare il troppo più che sa; a tu per tu coll'imperatore, o con sapienti da lui mandati, direbbe altre cose secrete, perocchè, soggiunge, se i dottori fossero certi che io risposi a certi punti, mi guarderebbero con orrore, e non so se Dio colla sua bontà e sapienza mi camperebbe dalle loro mani70.
      L'eresia di Federico era più pratica, e consisteva nel voler sostituire se stesso al papa, usurpare le funzioni del sacerdozio, far moneta coi vasi sacri, deporre e istituir prelati, e da questi pretendere segni di sommessione e quasi d'adorazione; e mentre sprezzava la Chiesa perchè non fa più miracoli, voleva ricondurla alla semplicità primitiva.