Per ciò, e per aver giurato di andare alla crociata, poi mentito; andatovi poi, aver patteggiato co' Musulmani, anzichè sterminarli, Gregorio IX lo scomunicò. Federico s'appella a un concilio generale, e Gregorio lo convoca a Roma (1241), poi Innocenzo IV un altro a Lione (1245), ove la Chiesa riunita, e per essa il vicario di Cristo, dichiarano Federico convinto di sacrilegio ed eresia, scaduto dall'impero, dispensati i sudditi dall'obbedirgli. Pier dalle Vigne avea composto un trattato De consolatione, uno De potestate imperiali, e credesi il libello Paro figuralis, ove nel pavone raffigura Innocenzo IV al concilio di Lione, circondato di colombe, tortore, oche, anitre, passeri, rondini, figuranti i cardinali, i vescovi, gli abati d'ogni colore, i cittadini, i mendicanti; il gallo rappresenta il re di Francia, la pica i Guelfi, il corvo i Ghibellini; l'aquila l'imperatore; gli uccelli grifagni Tedeschi, Siciliani, Spagnuoli. Il libercolo non trae valore che dall'opportunità, ma mostra come le nazioni d'Europa non fossero così estranie fra loro, come darebbe a supporre la asserita barbarie; e che già la letteratura militante elaborava l'opinione pubblica. In fatti Federico le proprie discolpe diramò ai principi, mostrandosi eretico appunto nell'atto che voleva scolparsene, poichè gli incitava contro il papa: «Come mai soffrite d'obbedire a figli di vostri sudditi? La Chiesa è divenuta affatto mondana; i suoi ministri, inebriati delle delizie terrestri, non badano guari al Signore; uniamoci, e vigiliamo insieme, affinchè, privati d'ogni superfluo, costoro servano all'Altissimo, contenti di poco.