Di sottomettere la Chiesa allo Stato fece Federico il tentativo nel regno delle Sicilie, ove già la dominazione de' Greci e degli Arabi aveva abituato a una tal condizione di cose. I Normanni eransi provati a delimitare i mutui poteri mediante que' concordati, che il nostro secolo bestemmia senza pur conoscerli, e a cui vuol sostituire la formola assurda della assoluta separazione delle due potestà. I trattati conchiusi coi due Guglielmi, con Tancredi, con Costanza imperatrice emanciparono più o meno la società civile; ma Federico, infatuato della propria persona e della propria autorità, cercò sottrarnela affatto; negò al papa l'omaggio che doveagli come re di Sicilia; vi mutò leggi, crebbe tributi, levò soldati senza consenso del pontefice. Per ricolpo Innocenzo IV pubblicò più tardi la famosa bolla 8 dicembre 1248, che tendeva ad assorbir lo Stato nella Chiesa, escludendo ogni intervenzione laica dalla nomina de' prelati, dispensando questi dal giuramento al sovrano e dalla giurisdizione laica, civile o criminale; autorizzando i possessori di beni ecclesiastici a fortificar i castelli, rialzare le ville, ripopolare le distrutte, senza bisogno di regia placitazione.
      L'imperatore rispose con supplizj, paragonando ad eretici i fautori del papa, e sè stesso al profeta Elia che purgò Israele dai sacerdoti di Baal; e così sotto pena di morte si dovette riconoscere che solo capo della Chiesa è il capo dello Stato.
      Il popolo non aveva mezzo d'esprimere le sue proteste, e i cortigiani, che soli scrissero, ci dicono come fosse lietamente obbedito l'imperatore, rappresentante del Dio vivo; e dalle stesse loro adulazioni traspare come, senza innovar il dogma, Federico II tendesse a render il papa cappellano dell'imperatore.