Piantato un tribunale, potea sperarsi disforme dagli altri del suo tempo? onde vi si videro rinnovate tutte le sevizie de' processi di Roma pagana, e il cavillo, e la tortura, e supplizj esacerbati. San Tommaso trova legittima in tali casi fin la pena capitale115. Ma la Chiesa, sebbene siasene valsa come d'una legittima difesa e d'una prevenzione contro mali gravissimi, non approvò mai, almeno in concilio, un'istituzione siffatta.
      Fin dal nascere non mancò da fare all'Inquisizione in Italia. La vicinanza del papa, e l'esservi egli anche principe temporale, incitava a resistergli; e ne' conflitti di Guelfi e Ghibellini vedemmo mettersi in discussione l'autorità di lui, passando, come troppo è facile, dalla mondana alla spirituale. I Comuni aveano acquistato la libertà strappandola ai vescovi, sicchè restava sminuita la riverenza a questi, e in molte lettere i pontefici ne muovono querela alle nostre repubbliche, le quali anche non di rado violarono e i possessi e le persone degli ecclesiastici.
      Uscente il xii secolo, Orvieto formicolava di Manichei, introdotti dal fiorentino Diotisalvi, e da un Girardo di Marsano; e diceano che il sacramento dell'eucaristia nulla rappresenta, il battesimo non occorre alla salvezza; non giovasi ai morti con limosine ed orazioni. Espulsi costoro dal vescovo, comparvero Melita e Giulita, uomini e donne seducendo con aspetto di santità, finchè il vescovo, col consiglio di canonici, giudici ed altri, ne esigliò ed uccise molti. Un Pier Lombardo vi capitò poi da Viterbo, contro del quale Innocenzo III deputò Pietro da Parenzo, nobile romano, che ricevuto fra ulivi e palme, proibì i combattimenti carnevaleschi che finivano in sangue; ma poichè gli eretici stimolarono a disobbedire, il primo giorno di quaresima si mischiò fiera zuffa, e Pietro fece abbattere le torri, donde i grandi aveano tirato sul popolo, ed emanò buoni provvedimenti.