Frà Ruggero citò al suo tribunale i Baroni, i quali, dichiarando quelle esecuzioni inumane ed illegali, s'appellarono all'impero: e il podestà Pace da Pesannola, bergamasco, li tolse in tutela, protestando contro le sentenze, e intimando si rilasciassero i detenuti. Perciò dagli inquisitori fu messo con solennità all'interdetto, onde ne nacque parte e tumulto: una domenica nel 1245, mentre i fedeli ascoltavano la predica nella cattedrale, gli eretici gli assalgono e feriscono: Pietro si pone alla testa de' suoi; sono di sangue contaminate piazza Santa Felicita e il Trebbio, finchè i Cattolici riescono superiori. La croce del Trebbio rammenta anche oggi quel macello; e vuolsi che allora cominciasse l'uso di porre croci e madonne sui crocicchi, onde tosto vedere chi le dileggiasse o riverisse.
      Segnalato per tanto zelo, Pietro muove a farne prova sui Cremonesi e sui Milanesi, i quali, esacerbati dalle battaglie mal riuscite contro Federico II, bestemmiavano il Cielo, insultavano ai riti, e sospendevano capovolti i crocifissi. Cominciò egli le processure; e predicando a Milano sulla piazza di Sant'Eustorgio diceva: «So che gli eretici hanno tramato la mia morte; che è già depositata la somma onde retribuire il sicario. Sia quel che vogliono, s'accorgeranno ch'io farò contro loro dopo morte più che non facessi da vivo». In fatto Stefano de' Confalonieri di Agliate e Manfredi da Olirone congiurarono, e lo fecero uccidere mentre il sabato in albis passava da Milano a Como. Egli trafitto intrise il dito nel proprio sangue, scrisse per terra credo, e spirò131. Subito venerato col nome di Pietro Martire, ebbe un tempio sul luogo dove cadde, e in Sant'Eustorgio a Milano una magnifica arca, ch'è uno dei primi monumenti della scultura, con epitafio scritto da san Tommaso: