Bonifazio VIII si oppose, e come protesta pubblicò l'altra famosa Bolla Unam sanctam (1302), ove pronunzia che la Chiesa, una, santa, cattolica, apostolica, ha per capo Cristo e il suo vicario in terra; la potenza spirituale, benchè conferita ad un uomo, pure è divina, e chi ad essa resiste, resiste a Dio; la potenza temporale è inferiore all'ecclesiastica, e dee lasciarsi da questa guidare come dall'anima il corpo, e quando i re trascorrono gravemente, li può ammonire e ravviare; ogni creatura umana rimane sottoposta al pontefice, nè ottiene salute chi creda altrimenti. E decretava che imperatori e re dovessero comparire all'udienza apostolica ogni qualvolta fossero citati, «tale essendo la volontà di Noi che, Dio permettente, imperiamo a tutto l'universo».
      Era il grido di sbigottimento di un'autorità che civilmente vacillava. E ne nacque lungo conflitto di cavilli, di villanie, infine di violenze. Quel re appoggiossi ai baroni romani, a malcontenti, a fuorusciti, e dicea loro: «Fate me senatore di Roma: io lascerò libera la Chiesa: terrò il patrimonio di San Pietro, incaricandomi d'esigerne le imposte e pagarne i pesi, e darò al papa un lauto assegno, qual basti al rappresentante di Cristo». Indi procedendo mandò un suo cavaliere, il quale a Bonifazio, ch'e' chiamava Malifazio, intimò un libello, dichiarandolo falso, intruso, ladrone, nemico di Dio e degli uomini; e, secondo lo spirito de' tempi, gli rinfacciava un cumulo di eresie, ricalcate sul materialismo incredulo di Federico II. Quando e' l'ebbe esposto al disprezzo, Sciarra Colonna concitò la turba a gridargli morte; lo ingiuriò nella persona, lo schiaffeggiò; - il re di Francia facea schiaffeggiare lui papa di ottantasei anni, e la plebe sedotta e gli avvocati seduttori applaudivangli del tenerlo prigione: finchè il popolo ravveduto lo liberò; e presto pianse sul venerato sepolcro di esso (1303).