Tutte le religioni son buone, e Dio le preferisce all'irreligione; la cristiana è più pura, ma v'è profeti e sacerdoti in ogni nazione, quali Orfeo, Virgilio, il Trismegisto, i Magi, ecc.: e il Ficino tradusse libri da ciascuno, senza investigarne l'autenticità: le Enneadi di Plotino, i libri d'Ermete, i misteri degli Egizj di Giamblico, le opere di Dionigi Areopagita, i Versi Dorati di Pitagora, opuscoli di Proclo, Senocrate, Sinesio, Teofrasto, Alcinoo, Zoroastro. Nel trattato De vita cœlitus comparanda, sull'astrologia erige un sistema della vita del mondo, ove tutte le forze solidariamente e le idee e i costumi si trovano messi in corrispondenza coi movimenti e le sistemazioni degli astri. Nella Theologia platonica de immortalitate animæ (1488) adduce moltissime pruove di questa, ma fa preponderare la dottrina dell'emanazione; e assimila l'intelligenza e il bene alla luce, la materia e il male alle tenebre. In questo sincretismo, ciò che gli manca sempre è lo spirito cristiano, la carità.
      Michele Mercato, suo prediletto discepolo, non sapea cacciare di testa i dubbj sull'immortalità dell'anima. Ed ecco una mattina è svegliato dallo scalpitare d'un cavallo e da una voce che il chiama a nome. Si affaccia, e il cavaliere gli grida: «Mercato! è vero». Egli avea pattuito col Ficino che, qual dei due morisse primo, darebbe all'altro notizie d'oltre la tomba; e il Ficino era appunto spirato in quell'istante.
      Nè già faceansi quistioni generali sopra Aristotele e Averroè ed Alessandro Afrodisio; ma tutto s'era ristretto in pochi punti capitali: l'immortalità è un bel trovato de' legislatori; il primo uomo provenne da cause naturali: i miracoli sono illusioni o imposture: le preghiere, l'invocazione de' santi non hanno efficacia alcuna, e la dottrina dei tre impostori rinasceva quando Pomponazio contro la Providenza lanciava questo dilemma: se le tre religioni son false, tutto il mondo è ingannato: se delle tre, una sola è vera, ecco ancora ingannata la maggioranza.