In tutto ciò mostrava ingegno robusto, superiore ai tempi, precursore di molte novità; ma era ateo o ipocrita? Le sue proteste di fede non salvano l'arguzia e la sofisteria de' suoi ragionamenti.
      Per tali guise la filosofia era messa in contrasto assoluto colla religione, sotto pretesto d'accordarla. Anche Cartesio presunse aquetare l'eterno conflitto tra la fede e il raziocinio, col dire che la ragione ha un regno suo proprio, ove la tradizione non dee penetrare; e così la fede ha terre riservate, chiuse al libero pensiero; la religione è una cosa, la filosofia un'altra; esse devono trovar pace nel reciproco isolamento; non è necessario scegliere; basta far a ciascuna il suo spazio legittimo; e se ben si guardi, tutte le insigni opere dell'età di Cartesio s'impiantano su questa base. Di certo la filosofia ha alcune parti diverse dalla teologia, per esempio la logica e la psicologia sperimentale; ma su punti essenziali, quali il principio e il fine delle cose, Dio e la nostra destinazione, potrebbe mai un uomo aver due opinioni contrarie? come operare fra due scienze, l'una che dice sì, l'altra che dice no?231
      L'opera del Pomponazio fu bruciata pubblicamente a Venezia; tolta a confutare da Alessandro Achillini averroista scolastico232, dal Nifo, e da Ambrogio arcivescovo di Napoli, contro i quali la difese l'autore; poi dal Contarini che fu cardinale, da tre frati, Bartolomeo da Pisa, Girolamo Bacelliere, Silvestro Prieira.
      Perocchè i frati vigilavano su questi aberramenti, e studiavano a combatterli; i filosofi si lagnano sempre dell'opposizione dei cucullati: il Pomponazio querelasi d'un eremita di sant'Agostino napoletano, che, predicando a Mantova, l'avea proferito eretico ed empio, mentre in vece il cardinal Bembo l'avea difeso alla Corte papale, e non trovato nel suo De immortalitate nulla di contrario alla verità, e che egual opinione tenne il maestro del sacro palazzo.