E lungamente regnò il realismo nella scuola di Padova. Regiomontano vi dava lezioni sopra Al-Fargani, e ben avanti nel secolo xvii vi si insegnavano tali dottrine, che noi non giudicheremo un progresso dello spirito umano, bensì un regresso verso la scolastica del medioevo e il peripatismo arabo; ma che, staccando dalle tradizioni, avviavano al pensare indipendente e alla scienza laica e razionale.
      Gismondo Malatesta, che, essendo feudatario della Chiesa le defraudava i dovuti soccorsi, fu da Pio II scomunicato nel 1461, fra gli altri delitti apponendogli di non credere alla risurrezione dei corpi e all'immortalità dell'anima, e fu arso in effigie237. Paolo Mattia Doria napoletano, avea preparato l'Idea d'una perfetta repubblica, ma ne fu sospesa la stampa, e fu arsa come fetida d'immoralità e di panteismo. Speron Speroni, a Pio IV che gli dicea: «Corre voce in Roma che voi crediate assai poco», rispose: «Ho dunque vantaggiato col venirci da Padova, ove dicono che non credo nulla»; e poco prima di morire esclamò: «Fra mezz'ora sarò chiarito se l'anima sia peribile o immortale»238.
      Di quel misto di cabala, gnosticismo, neoplatonismo, giudaismo, che univasi colla letteratura classica, coi filosofemi d'Aristotele, d'Epicuro, d'Averroè, per gettare gli spiriti nel dubbio e in quel che ora intitoleremmo razionalismo, erasi nella corte di Lorenzo de' Medici imbevuto Giovanni Pico della Mirandola, ricco signore e portentoso intelletto. Ebbe a maestro Elia del Medico, ebreo averroista che per lui compose varj trattati filosofici, fra cui uno sull'Intelletto e la Profezia (1492) e un commento sul libro Della scienza del mondo (1485): a Venezia stamparonsi più volte (1506, 1544, 1598) le sue annotazioni sopra Averroè, le quistioni sulla creazione, sul primo motore, l'ente, l'essenza e l'uno.