Queste parole parvero asserire la giustificazione indipendente dalle opere; sicchè quell'opuscolo fu diffuso in Germania da Lutero nel 1523, con una prefazione, ove dichiarava il Savonarola suo precursore, «sebbene ai piedi di questo sant'uomo sia ancora attaccato del fango teologico»305, e aver lui sostenuto «la giustificazione per mezzo della sola fede, e perciò venne bruciato dal papa»; e soggiungeva: «Cristo lo canonizzò perchè non appoggiossi sui voti o sul cappuccio, sulle messe o sulla regola, ma sulla meditazione del vangelo della pace; e rivestito della corazza della giustizia, armato dello scudo della fede, dell'elmo della salute, si arrolò non all'ordine de' Predicatori, ma alla milizia della Chiesa cristiana».
      Noi sappiamo che non dal papa fu bruciato, e non per questo motivo; ma il libro stesso a cui Lutero s'appoggiava lo smentisce, poichè, primamente, che la fede sia dono gratuito di Dio è sentenza comune di tutti i teologi e del concilio di Trento: poi in esso libro il Savonarola continua: «Chi addurrà un peccatore, sia pur grandissimo, il quale, rivoltosi e convertitosi a Dio, non sia stato accetto e giustificato?... Or non hai tu udito il Signore, che dice, Qualunque volta piangerà il peccatore, e si dorrà de' suoi peccati, io non mi ricorderò delle sue iniquità?... Cadesti? lèvati, e la misericordia ti riceverà. Rovinasti? grida, e la misericordia verrà».
      Poi sollecitato dal carceriere a lasciargli qualche ricordo, frà Girolamo sulla coperta di un libro scriveva una Regola del ben vivere, più volte ristampata, ove dice: «Il ben vivere dipende tutto dalla Grazia; onde bisogna sforzarsi d'acquistarla, e quando s'è avuta, d'accrescerla.