In Santa Maria Novella e in San Marco è dipinto in figura di santo, e da Raffaello nelle logge vaticane fra i dottori della Chiesa; ritratti e medaglie sue si tennero e venerarono, non solo fra que' pii che in Firenze continuarono ad opporsi alla depravazione e alla servitù che ne deriva, ma anche da gran santi.
      Nel 1548, il severo Ambrogio Catarino stampò a Venezia un Discorso contro la dottrina e le profezie di frà Girolamo Savonarola, dedicato al cardinale Del Monte, dove ne raduna molte proposizioni, che crede repugnanti al dogma cattolico: ma «dichiara di oppugnar in questa opera non il Savonarola, giudicato piuttosto degno di compassione che di vituperio, bensì la dottrina e gli errori di lui, che ancora viveano nella riputazione di coloro che, non senza scandalo e pericolo delle loro anime, a lui prestarono fede».
      Forse in conseguenza di tale denunzia quegli insegnamenti furono presi in esame sotto Paolo IV, e quando la commissione ne leggeva dinanzi a questo alcuni brani, egli esclamava: «Ma questo è Martin Lutero! cotesta è dottrina pestifera»; maturato però l'esame, non furono che sospese quindici prediche e il dialogo della Verità profetica: il padre Paolino Bernardini lucchese, fondatore della congregazione di Santa Caterina da Siena, compose Narrazione e discorso circa la contraddizione grande fatta contro le opere del r.p. frà Girolamo, sostenendo che la dottrina di esso «non poteva esser dichiarata nè eretica, nè scismatica, nemmanco erronea e scandalosa», e nell'indice del Concilio di Trento que' libri figurano solo donec emendati prodeant, cioè come intaccati solo d'errori accidentali.