Giulio II non solo avea rejetto ogni accordo col conciliabolo, ma depose e scomunicò i cardinali disobbedienti, e pose all'interdetto tutta la Francia, e particolarmente Lione. Poi al 10 maggio aperse il concilio in Laterano, ove convennero dapprincipio quindici cardinali e settantanove vescovi, cresciuti poi a cenventi, quasi tutti italiani. Le cinque sessioni tenutesi da vivo Giulio II, limitaronsi a riprovare il conciliabolo.
      Leone X, appena succeduto papa, fece allestire appartamenti in Laterano volendo egli stesso assistere alle discussioni del concilio, e quando, al 6 aprile 1513, aperse quivi la sesta sessione, esortò sovratutto a rimettere pace fra i principi cristiani, e promise non chiuderlo finchè l'opera non fosse compiuta. Anche Luigi XII, che per astio contro Giulio II aveva accolto gli errabondi padri del conciliabolo di Pisa, ora «vinto dall'importunità di sua moglie e dalle rimostranze de' sudditi ch'essa suscitava d'ogni lato», cessò di favorirli, e aderì al sinodo lateranense, al quale i capi dello scisma vennero a chiedere perdono e l'ottennero.
      Come in ogni concilio, così in questo, eravi una commissione per la riforma, e si propose espresso di correggere molti abusi, e ricondurre alla primitiva osservanza de' canoni316. Nell'apertura, frate Egidio Canisio da Viterbo, famoso predicatore, esclamava: «Chi può vedere senza lacrime la corruttela e i disordini del secolo malvagio nel quale viviamo, il mostruoso sregolamento che regna ne' costumi, l'ambizione, l'impudicizia, il libertinaggio, l'empietà trionfare nel luogo santo, da cui questi vizj dovrebbero essere sbanditi per sempre?