Ci fu chi rispose ad Erasmo: la Sorbona lo imputò d'eretico per molte proposizioni, ed egli se ne difese con un'Apologia ai teologi di Lovanio, dicendo che lo scopo de' Colloquj era di porgere le formole colle quali dir latinamente che che si fosse; ed essendo dialoghi, bisognava serbasse il costume della persona introdotta. Venendo poi ai particolari, cerca scagionarsi di proposizioni, in verità più che ardite; per esempio, che la confessione sia un trovato de' caporioni della Chiesa; che sia indifferente il mangiar qualsiasi cibo; e del celiare sulle indulgenze, e più sui voti, e deridere l'intercessione di Maria e de' santi. Aveva anche a contrapporvi altri passi, ove lodava tutto ciò: riflette che il criticare gli abusi equivale ad approvar l'uso: dice d'aver ammonito contro le false vocazioni, non contro l'entrar monaca359; nella Pietà puerile insegnato a ben udire la messa, ben confessarsi; aver esortato a conservare le usanze de' maggiori, quand'anche men lodevoli, e fin tollerare la tirannide, piuttosto che avventarsi nelle rivoluzioni360. Non tace che certi punti non erano ancora stati chiaramente definiti dalla bolla di Leon X, e molti si discuteano liberamente prima dell'editto di Carlo V.
      Nell'edizione del Nuovo Testamento diede esempio di sagace critica, di grand'accuratezza nel confronto de' manuscritti; tanto più che la famosa Bibbia Complutense era ancora in lavoro. Certo restò lontano dalla critica odierna, dal culto letterale delle Scritture e dall'esegesi audace che discute l'autenticità dei testi sacri, ma osava impugnare l'impeccabilità della vulgata, sicchè sgomentò molti timorati, e trovò gran contraddittori.