Censuravasi dunque il modo, non si condannava il fatto. L'ascetico autore dell'Imitazione di Cristo non vieta di leggere la Scrittura, ma vuole «vi si cerchi la verità, non la dicitura; leggasi collo spirito con cui fu fatta». Alfonso d'Aragona re di Sicilia avea letto quattordici volte la Bibbia coi commenti di Nicolò da Lira, e la citava ogni tratto.
      E lettura assidua ne faceva il Savonarola, come appare dalle postille che caricano le Bibbie che gli appartennero, o che (noi supponiamo) gli erano date da' suoi devoti perchè le impreziosisse con sue annotazioni. Egli poi ne' sermoni e negli opuscoli, ne faceva l'interpretazione spirituale, la morale, l'allegorica, l'anagogica. A cagion d'esempio, «Dio creò il cielo e la terra», oltre il senso letterale, ha il senso spirituale di creazione dell'anima e del corpo; il senso morale vorrà indicare la ragione e l'istinto; il senso allegorico o riguarda la Chiesa ebraica, e cielo e terra significheranno Adamo ed Eva, sole e terra significheranno il gran sacerdote e il re; o risguarda la Chiesa cattolica, e significheranno il popolo eletto e i Gentili, il papa e l'imperatore. Il senso anagogico si riporta alla Chiesa trionfante, sicchè cielo, terra, sole, luna, stelle significheranno gli angeli, gli uomini, Cristo, la Vergine, i beati, e così via400.
      Egli vedeva però che per tal uopo occorre conoscere bene la lingua e la storia, avere molta famigliarità colla Bibbia, non urtare le opinioni della Chiesa romana, non trascinare i sensi a fini nostri particolari, per non mettere il nostro intelletto in luogo della parola divina, e lasciarsi guidare dalla Grazia divina, meritandola colla purità del cuore, col lungo esercizio della carità, coll'elevarsi sopra le cose terrene.