Servì da segretario a varj personaggi, fra cui al marchese del Vasto, a don Ferrante Gonzaga governator di Milano, al conte Claudio Rangone, col quale passò in Francia; azzeccò risse con molti letterati, e si segnalò nella scienza cavalleresca, come chiamavano allora la teorica de' duelli; i quali vedendo non si potevano abolire, pensò sistemare, dandovi un'infinità di regole minuziose, come interviene ogniqualvolta s'introduce il casismo.
      Innumerevoli sono le opere del celebre Flaminio, ed egli stesso dà il titolo di quelle che uscirono «dalla penna ad uomo, che dal xxi anno della sua età fino al lxxiv ha continuamente servito, ha travagliato a tutte le Corti della cristianità, e vissuto fra gli armati eserciti, e la maggior parte del suo tempo ha consumato a cavallo, e gli è convenuto guadagnarsi il pane delle sue fatiche». In dieci canzoni celebrò separatamente il viso, i capelli, la fronte, gli occhi, le guance, la bocca, il collo, il seno, la mano, la persona della sua amata; insieme traduceva i testi greci per comodo della storia ecclesiastica del Baronio. Côlto da grave malattia nel 1552, protestò voler «dare al servizio di Dio questo poco tempo che avanza, rivolgendosi tutto agli studj sacri»: ma don Ferrante lo persuase a rimanere a' suoi ordini. Morto che questo fu nel 1557, il Muzio passò ajo del principe Francesco d'Urbino, cui diresse un Trattato del principe giovinetto. Ne' viaggi avendo osservato i costumi de' Protestanti, non gli parvero quali dai lodatori erano vantati, e la loro dottrina confusione ed abusione; e accintosi a combattere la comunione del calice a' laici, il matrimonio de' preti e le altre novità, sostenne che non fosse necessario adunare un Concilio; dissuase Lucrezia Pia de' Rangoni dall'abbracciare gli errori diffusi tra i Modenesi; ebbe dall'Inquisizione romana l'incarico di far bruciare tutte le copie del Talmud nel ducato d'Urbino, e d'informarla di quanto scoprisse di men religioso, principalmente a Milano.