Ove udendo predicare Celso Martinengo, lo denunziò al Sant'Uffizio, e poichè questo non osava prenderlo, citollo egli stesso ad esame, e lo incarcerava se non fosse fuggito. Di ciò i Milanesi gli presero un male a morte qual a persecutore, finchè non seppero che il Martinengo era stato assunto pastore degli Evangelici in Ginevra, dove l'effigie del Muzio fu chiassosamente bruciata. Del Vergerio, vescovo di Capodistria, era stato amico d'infanzia; ma come questo sviò, non che lasciarsene sedurre, non ommise alcun tentativo per richiamarlo al vero, e frustrati i consigli amichevoli, scrisse contro di lui al popolo di Capodistria (1550), e più dopo ch'ebbe apostatato.
      Nei Tre testimonj fedeli, librando le dottrine de' santi Basilio, Cipriano, Ireneo, convince di falsità Erasmo ed altri; a sostegno del sinodo di Trento scrisse principalmente il Bullingero riprovato; l'Eretico infuriato contro Matteo Giudice professore di Jena; la Cattolica disciplina de' principi contro il Brenzio. L'Antidoto cristiano, la Selva odorifera, la Risposta a Proteo, il Coro pontificale, le Mentite Ochiniane, le Malizie Bettine (1565), la Beata Vergine incoronata, erano i bizzarri titoli d'opere sue, buttate giù con violenza e scarsa critica, svelenendosi colle persone, anzichè teologicamente incalzare l'errore; modo di farsi leggere dal vulgo, non di vantaggiare la causa del vero.
      Pio IV avealo favorito; viepiù Pio V, che l'usò ancora a scrivere contro gli eretici, principalmente contro l'Apologia per la chiesa anglicana del vescovo Jewel; poi contro le Centurie Magdeburghesi che pretese confutare in due libri di storia sacra (1571). La morte di quel papa lasciò il Muzio sprovvisto491, sicchè al duca Emanuele Filiberto di Savoja scriveva qualmente, in cinquantaquattro anni di servizio, non avesse saputo assicurarsi cinquanta quattro soldi di rendita.