Qual fosse la dottrina del Valdes non è ben chiaro: i Sociniani vorrebbero trarlo a sè, ma pare avesse sulla Trinità opinioni sue particolari. Nella biblioteca degli Antitrinitarj leggesi: De Jo. Valdesio quid dicendum? Qui scriptis publicis suæ eruditionis specimina nobis relinquens, scribit se de Deo ejusque Filio nihil aliud scire, quam quod unus sit Deus altissimus Christi Pater: et unus dominus noster Jesus Christus ejus filius, qui conceptus est in utero virginis; unus et amborum spiritus. Nelle lettere di Teodoro Beza troviamo che un ministro della Chiesa francese di Embden fu imputato d'aver fatto tradurre le Considerazioni del Valdes, folte di bestemmie contro la parola di Dio, senza le note che v'erano apposte nell'edizione di Lione. E avendo egli risposto che non v'avea bestemmie, e che la pietà del Valdes dovea potersi lodare non meno ad Embden che a Zurigo, a Basilea, a Ginevra, gli fu replicato che quest'opera avea fatto assai male alla chiesa di Napoli; che di là l'Ochino aveva attinto le fantasie che lo perdettero; e che molte persone, le quali prima aveano lodato le Considerazioni, cambiaron opinione dopochè le ebbero meditate, e il librajo che le stampò a Lione se ne pentì e ne chiese perdono a Calvino555.
      Fatto è che molti diedero ascolto al Valdes, ma Nicola Balbani556, che fu ministro della chiesa italiana a Ginevra, riferisce che, dei convertiti alla riforma in Napoli, la più parte s'accontentavano d'accettare il dogma della giustificazione, riprovavano alcune superstizioni, pure non lasciavano la messa e il resto: quando perseguitati, abjurarono: alcuni furono uccisi come relapsi, fra cui il Caserta che aveva convertito Galeazzo Caracciolo.