Questo veronese, buon medico ed elegante latinista, ridusse i salmi in odi latine, che furono messe all'indice da Paolo IV: e stampò In psalmis brevis expositio (Aldo, 1515) dedicata a Paolo III, dicendo essere stato indotto a farla dal vescovo Giberti, e a pubblicarla dal cardinale Polo. Girolamo Muzio, annusatore di eresie, l'appuntò perchè, interpretando un verso del salmo 45, dice che «dobbiamo cessare da tutte le opere nostre, e la vera giustizia per nostra fatica non si può acquistare»; e altrove ammonisce «che cautamente leggano gli scritti del Flaminio, anzi che non li leggano quelli che al cristianesimo s'appartengono, perciocchè maggior danno potranno conseguire dalle sue sentenze che diletto dalle sue parole»571. I Protestanti danno per segno di sua apostasia l'ardore suo per Cristo e per l'eucaristia, il non volgersi mai nelle odi a Maria o ai santi, nè mentovare il purgatorio; il raccontare egli stesso come, essendo malato, risanò per preghiere dirette dal Caraffa a Dio, non a verun santo572. Vedasi se meritino peso tali presunzioni, come la pietà che spira dalle sue lettere573; la conoscenza che mostra delle Scritture è un'altra pruova che queste non erano inusate neppure fra i Cattolici. Nel 1535 scriveva a Pietro Pamfilio d'aver detto addio ad ogni studio, eccetto quello delle divine cose, e che proponeasi dedicare il resto di sua vita a meditare la fede cristiana.
      Nel Giudizio sopra le lettere di tredici uomini illustri pubblicate da M. Dionigi Atanagi (Venezia 1554), opera forse del sunnominato Vergerio, si legge che il Flaminio «solo tra questi ebbe qualche gusto e cognizione di Cristo e della verità, ma non in tutti gli articoli, perocchè Dio non scopre e non rivela tutti i suoi tesori ad un tratto, ma a parte a parte.