A tacere il Muzio, l'Aretino, il Franco e simil ciurma, il Vasari imputa il Perugino di miscredente, mentre l'indole sua e i suoi dipinti il mostrano così diverso. Anche del gran Leonardo da Vinci egli scrive che «tanti furono i suoi capricci, che filosofando delle cose naturali, attese a intendere la proprietà d'elle, contemplando e osservando il moto del cielo, il corpo della luna e gli andamenti del sole; per il che fece nell'anima un concetto sì eretico, che non s'accostava a qualsivoglia religione, stimando per avventura assai più l'essere filosofo che cristiano», e che solo in punto di morte fosse istruito nella fede. In ciò il cortigiano dei Medici non era informato nulla meglio di quando il fa spirare fra le braccia di Francesco I; ed egli medesimo temperò quest'asserzione nella ristampa; oltre che abbiamo il testamento, che Leonardo fece un anno prima di morire, dove, tutto pietà, «raccomanda l'anima sua a Nostro Signor messer Domenedio, alla gloriosa Vergine Maria, a monsignor san Michele»: prescrive trenta messe basse e tre alte, da dirsi per l'anima sua in tre chiese di regolari ad Amboise.
      Gli stessi procedimenti della Riforma le diminuivano seguaci. Come svegliar le coscienze addormentate con un credo vago ed oscillante? La Bibbia, la meditazione, il libero esame! Davvero mezzi opportuni per condur a quella certezza che è suprema necessità per operare. Io uom del popolo ho da lavorare sei giorni per settimana, quattordici ore per giorno. Chi mi parla di Dio? della Grazia? della giustificazione?