Certo è che Paolo III, assecondando i suoi consultori, riformò la camera apostolica, la sacra rota, la cancelleria, la penitenzieria; diede vigore all'Inquisizione, massime allo scopo d'escludere i libri cattivi; e, dice Natale Conti, se si fossero recati in una catasta tutti i libri che vennero arsi in diverse parti, sarebbe stato un incendio pari a quello di Troja, non essendosi risparmiata biblioteca nè privata, nè pubblica. Nel 1549 monsignor Della Casa pubblicò il primo Indice di libri proibiti, cui ne seguirono altri, sempre cresciuti: e Pier Paolo Vergerio, vescovo apostata, vi fece postille, dove ne indicava moltissimi altri che aveano le colpe stesse, o assai più gravi a suo giudizio.
      Per verità il peggior momento a far riforme è quando sia impossibile il differirle. Ora solo col tempo potevano ripararsi i guasti fatti dal tempo; mentre invece ogni dì crescevano l'urgenza le violenze della distruzione; nei popoli si connaturavano l'abitudine dei riti nuovi e lo sprezzo dei dogmi vecchi; i figliuoli s'educavano nel nuovo credo; i principi adagiavansi nei beni tolti alla Chiesa, gli ecclesiastici nelle blandizie della famiglia. Le stesse riforme, com'è il solito, divenivano appiglio di nuovi attacchi per opera de' Protestanti, che voleano la demolizione non l'emenda, e diceano che il papa confessava i disordini, che dunque era ragionevole la protesta.
      Per quanto venga generalmente negato10, documenti recati dal Quirini nelle sue diatribe alle epistole del cardinal Polo, attestano il sincero desiderio di Paolo III di radunare il Concilio, pel quale erasi destinata la città di Trento.