Presto in fatti si trovò in disaccordo con quello, sicchè a Ginevra venne scomunicato e perseguitato. A piedi, come sempre, ripigliò dunque il cammino colla moglie, in cerca della verità, e di chi permettesse dirla. A Basilea dov'erasi adunato uno degli ultimi concilj, dove eransi rifuggiti Erasmo ed Hutten, disgustati degli eccessi, dove il Froben stampava scritti arditissimi, l'Ochino recossi per pubblicare i suoi sermoni: ad Augusta chiesto predicatore con ducento fiorini l'anno, moltissimi uditori attirava, sinchè la invasione di Carlo V gli lasciò appena tempo di salvarsi, fuggendo collo Stancari di Mantova.
      A Strasburgo ritrovò il vecchio suo amico e compatrioto Pietro Martire Vermiglio, di cui ora diremo, e con lui passato in Inghilterra, predicò ai rifuggiti italiani59, ma cessata la tolleranza alla morte d'Eduardo VI, tornò in Isvizzera, e fu assunto pastore dagli emigrati di Locarno, i quali dal senato di Zurigo aveano ottenuto una chiesa e l'uso della propria lingua.
      Ma accusato di opinioni antitrinitarie, e di acconsentire la poligamia, è costretto ad una professione di fede, ed egli giura di vivere e morire nella fede di Zuinglio. Ma subito n'ha pentimento, in pulpito impugna alcuni dogmi di questo, e ne' suoi Labirinti nega quasi tutte le verità cristiane: onde n'è sbandito, e neppure ottenendo d'indugiarsi fino alla primavera, di settantasei anni, nel cuor dell'inverno, con quattro figliuoli è costretto ripigliare il cammino dell'esiglio, verso la Polonia.
      La prima volta che predicò ai fratelli italiani in Cracovia, «Non crediate (disse) venir oggi a veder altro che un vero apostolo di Gesù Cristo.