Posto priore a San Frediano di Lucca (1541), meno velò le sue opinioni, e quasi ne aperse scuola, ed affinchè la gioventù fosse ben istrutta, chiamò Paolo Lazise, famoso aristotelico di Verona, a insegnare il latino; Celso Martinengo il greco, Emanuele Tremellio di Ferrara l'ebraico, ed eccitava i giovani a tenere ben d'occhio se egli spiegasse rettamente le epistole di san Paolo e qualche salmo. Così acquistò alle nuove credenze diciotto monaci, che nelle vicinanze le sparpagliarono, mentr'egli le predicava nella cattedrale di Lucca.
      Il cardinale Contarini, tornando dal colloquio di Ratisbona, venne col maestro del Sacro Palazzo a far riverenza a papa Paolo III, ch'erasi reso a un congresso in Lucca con Carlo V, e quivi si trattenne con Pietro Martire in discussioni religiose, siccome le aveva intese in Germania, e per le quali il Fiorentino venne a confermarsi nelle sue idee65. Pure nella dimora del papa egli non ebbe disturbo. Ma presto a Roma se ne sussurrò, e il vescovo Bartolomeo Guidiccioni scrisse alla signoria di Lucca, lamentando vi si tollerassero i nuovi errori: ch'erano predicati anche apertamente da don Costantino priore di Fregonara.
      Di Pietro Martire non è cenno in quelle lettere, forse per riguardo a' suoi molti amici. Ma egli temendo, e viepiù dopo che fu citato a un capitolo generale del suo Ordine in Genova, dispose ogni cosa, e secretamente ajutato da Cristoforo Brenta patrizio lucchese, partì col Lazise, col Tremellio e con Giulio Terenziano di Piacenza, il quale restò sempre suo fedele compagno.