Questi pertanto rimase a Padova; ma ciò l'avea fatto conoscere in Germania, e doveva influire sul suo avvenire. Dottorato, fu in uffizj giuridici a Verona, a Padova, a Venezia, poi andò a Roma, dove facea da segretario di Clemente VII suo fratello Aurelio, che morì cavalier di Malta nel 1532.
      Pietro Paolo si pose a servigio del cardinale Contarini, ed entrò nelle grazie del papa, che lo destinò a succedere al Rangoni vescovo di Reggio come legato a re Ferdinando di Germania. Scopo della legazione era d'ottenere che, essendo le dottrine luterane condannate già da Leone X, s'avesse ad applicare ogni mezzo per isvellerle; dar incoraggiamenti a Faber, Eck, Cochleo, Nausea, e agli altri amici della religione cattolica.
      Il Vergerio in Germania ebbe buone accoglienze dall'imperatore, e ne fu investito di qualche benefizio. Del tempo ch'egli stava colà molte lettere conserva l'archivio Vaticano99. In una del 22 settembre 1533 a Jacobo Salviati mostra come, per attendere al meglio della Chiesa, importerebbe che la santa sede facesse almen tregua col Turco. E se mai il proporla si trovasse men decoroso, esibisce entrare egli stesso in Turchia, col pretesto di tornare per suoi affari in patria, donde, conoscendo la lingua e non avendo dignità, potrebbe facilmente passare a Costantinopoli, e colà trattare sottomano. E tanto più che aveva benevolo il balio Alvise Gritti, del cui padre doge avea steso l'elogio.
      In altre a monsignor Carnesecchi mostra quanto il re di Germania stesse in apprensione pel congresso del papa col re di Francia a Marsiglia e per quelle nozze.