Egli però, non dimenticando d'essere stato vescovo, arrogavasi una certa superiorità sui religionarj, e valevasene per metter accordo fra i dissensi che vi pullulavano, siccome altrove dovremo ampiamente divisare: e a Roberto Gualter a Zurigo, da Vicosoprano il 21 gennajo 1551 scriveva: «Ho conciliato Camillo col ministro della Chiesa di Chiavenna, e l'ho costretto accettar una confessione a mio modo. Mi è bisognato andar in Valtellina e patire molti incomodi da certi Anabattisti. Infine ne ho riconciliati alcuni, ed alcuni ho fatto partir dal paese. Un'altra grave contesa ho avuto con papisti, che ci facevano molte novità e molti insulti e anche questi ho vinto con l'ajuto del Signore». E al Bullinger l'11 ottobre 1552: «Se prontamente non accorrevasi, cadeva pericolo che la Valtellina non divenisse una tana d'uomini corrotti», cioè dissidenti.
      Ma egli stesso seminava zizzania, appunto perchè, rotto il freno d'una autorità, nessuna voleasene. Mal potè dirsela con Lutero. Questi il sacerdozio considerava come una soperchieria, buona solo a far degl'istrioni, de' ciarlatani, de' preti di Satana, e voleva fossero rejetti coloro che avevano ricevuto l'Ordine della gran bestia, mentre ogni fedele è sacerdote per annunziar la parola, assolvere le colpe, amministrare i sacramenti. Per contrario il Vergerio, come vescovo, si occupava assai della sistemazione che sarebbe a dare in Italia alle comunità religiose; semplificando il culto al più possibile, conservando l'episcopato, risparmiando le spese, monasteri e canoniche convertendo in iscuole o vendendo.