Quanti siamo cacciati di patria per la verità! ebbene, che ci manca? La Dio grazia viviamo come fossimo in patria». Linguaggio ripetuto tante volte, e fin ad oggi, malgrado la contraria esperienza.
      Sopratutto egli osteggiò il Concilio di Trento. L'opuscolo Cur et quomodo christianorum concilium debeat esse liberum et de conjuratione papistarum, che credesi opera di Lutero, stampata il 1537, fu riprodotta il 1557 con prelazione del Vergerio; che confessa essere stato lui che, come legato pontifizio, avea predicato quel Concilio, e di quell'opuscolo bruciate quante copie potè, avrebbe bruciato anche l'autore se avesse potuto. Nel Concilium non modo tridentinum sed omne papisticum perpetuo fugiendum esse omnibus piis (1553) già avea raccolte tutte le ben note objezioni; nega sia libero, attesochè egli ne fu scacciato, e cacciato pure Giacomo Nachiante vescovo di Chioggia, e Girolamo Villeno domenicano, perchè aveano avversato quel passo del Decreto che dicea doversi le tradizioni accettare colla stessa venerazione come il vangelo; fa temere si manchi alla promessa franchigia, e ne coglie occasione di mostrar tutti gli abusi introdottisi nella Chiesa. E quanto spacciavasi pei trivj contro il Concilio, egli raccolse in molti opuscoli, ai quali poi attinse largamente frà Paolo Sarpi. Contro a quel sinodo ed ai papi incita l'imperatore e i principi, solleticandone le gelosie e le passioni; si erigano superiori ai pontefici; prescrivano ciò che giova a correggere i costumi e gli errori, e facciansi obbedire.