Già nel 1558 lagnavasi di cattiva salute, peggiorata poi dagli strapazzi dell'ultimo viaggio in Polonia. Ricorse alle acque e ad altre cure; da un lato desiderava intervenire al famoso colloquio di Passy nel 1561, dall'altro vagheggiava ritirarsi fra i Valdesi o Piccardi della Boemia, ma questi voti di quiete presto dissipava per lanciarsi di nuovo nella mischia. Infine morì il 4 ottobre 1565 a Tubinga, e gli amici narrarono che conservò fino all'estremo mirabil costanza; che agonizzasse fra orribili spasimi e muggiti e rimorsi, scrisse il famoso Glaber, che lo assistette, e che poi si convertì al cattolicismo. Il duca Cristoforo nella chiesa di San Giorgio gli fe porre un monumento con un epitafio, che mostra come le sottigliezze secentistiche si usassero prima o fuori d'Italia; monumento che, sovvertito nel 1635 durante le guerre di religione, fu poi ripristinato nel 1672.
      Qualche moderno presenta il Vergerio qual «esempio unico dell'aver mutato lo splendido posto di prelato romano, l'onore di nunzio papale, la mitra di vescovo, l'aspettazione della porpora contro le incertezze d'un esule». A chi ci lesse noi procurammo dar argomenti che bastino a valutare quanto meriti questa lode; e se le opere sue valgan meglio che quelle di certi martiri odierni, che tutto dì contaminano il buon senso e il viver civile.
     
     
     
      DISCORSO XXVIII
     
      NOVATORI IN MODENA. LODOVICO CASTELVETRO. IL CARDINALE MORONE.
     
      Quell'esuberanza di vita che godeva l'Italia quando le cento sue città conservavano l'indipendenza sotto principi proprj, e che formò il carattere e il vanto, se non la forza della nostra nazione, ci appare singolarmente in Modena, «città piacevolissima d'aere, d'acqua e di belle donne, ed ornata di bellissima gioventù, datasi tutta agli studj delle Muse»137. Come ai nostri tempi, così allora fioriva d'elettissimi ingegni, fra' quali rammenteremo quei soli che s'attengono al tema nostro.