Pertanto lo esorta nel Signore, e in virtù della santa obbedienza e in nome di Dio, a far subito e in silenzio arrestare e tradur a Bologna Bonifazio Valentino prevosto del duomo167, Filippo Valentino, Lodovico Castelvetro, il librajo Gadaldino. La cosa trapelò, e la città ne fu commossa; i conservatori protestarono contro quell'insolito modo di citare, viepiù trattandosi di persone tenute per virtuose e che aveano firmato il formulario (17 luglio 1556). Il duca esitò, poi fece metter le mani sullo stampatore, pur protestando che, in fatto di religione, nella sua città tutto passava in regola, e che il processo dovrebbe erigersi in Modena. Ma Roma insistendo, il duca andò più oltre: il Valentino fu mandato a Roma, ove in carcere ritrattossi degli errori imputatigli: il vecchio Gadaldino, accusato di aver venduto libri infetti, fu poi rilasciato, e morì a Modena di novant'anni nel 1568168.
      Il succeduto duca Alfonso proteggeva il Castelvetro e il Valentino, e pare impedisse di pubblicare la scomunica, che contro di essi avea lanciata il vicelegato di Bologna. I due fuggirono, nè del Valentino ci risulta altro. Ma il Castelvetro visse nel Ferrarese fin al 1560, sperando, col favore del duca, ottenere gli si facesse qui il processo; poi si condusse a Roma, con licenza e calda raccomandazione di esso duca, che scriveva al suo ministro: «Messer Lodovico Castelvetro viene a Roma per giustificarsi di alcune imputazioni di eresia. E perchè egli ci è grato suddito e servitore, e, per quel che ci viene riferto, perseguitato ingiustamente da malevoli, ve lo raccomandiamo acciocchè voi l'ajutiate e favoriate perchè non sia straziato e tenuto sulla spesa, nè fatto di peggior condizione degli altri che si sono presentati al sant'Uffizio».