Nato un sospetto, mille inezie lo convalidano, creando quella tirannia che dicesi pubblica opinione; pure Giulio III, che lo avea deputato alla dieta d'Augusta nel 1555, si doleva che l'Inquisizione «per malignità e invidia del papato» molestasse il Polo e il Morone, e si faceva informare del processo, e dava del poltrone agli accusatori, e ne istruiva il Morone stesso. Ma succeduto il rigoroso Paolo IV, questi il fe chiudere in Castel Sant'Angelo nel giugno 1557, col Sanfelice vescovo della Cava, il cardinal Polo e il vescovo Foscarari di Modena, e prendere ad esame.
      Pietro Paolo Vergerio pubblicò gli articoli delle accuse contro del Morone, se pure è di lui il libretto anonimo recato nelle Wolfii Lectiones memorabiles. Ed erano, che, immemore della propria salute e ingrato al papa che l'aveva beneficato, aspirava solo a conoscere la genuina dottrina di Gesù Cristo, e avea detto a un tal prelato che l'articolo della giustificazione per mezzo della fede era stato rifatto prima e dopo il Concilio di Trento174.
      Mentre stava al Concilio, scrisse al suo vicario di Modena dichiarasse al popolo che egli avea fiducia soltanto nel sangue di Cristo; e un'altra volta, desiderare a suo nome raccogliesse tutti i preti ch'erano soliti ricevere le confessioni, e spiegasse che, non già il prete, ma Cristo assolveva175; della qual lettera molto eransi rallegrati i Luterani di Modena, e dissero: «Ringraziato sia Dio che il cardinale è divenuto de' nostri».
      Professava che il papa non va obbedito come vicario di Cristo, ma come principe temporale176; che le buone opere, ancorchè fatte in grazia di Dio, non son meritorie, e ch'egli stesso praticandone alcune, come il celebrar la messa, meritava l'inferno.