Tali imputazioni leggiamo in fatto nel suo processo; aggiungiamo, diceasi aver egli pensato cattolicamente finchè non andò al Concilio, ove per via il........177 l'assalse con robusti argomenti, ai quali applaudiva il Polo; e che avesse traviato si fu certi allorchè, tornato a Modena, si scusò con que' cittadini d'averli perseguitati come luterani; al Salmerone che predicava con perfetta ortodossia disse, «Annunziate Cristo, e non mi state a insistere su cotesti meriti de' santi o nostri»; e lo fe rinviare, mentre invece mandò Bartolomeo Pergola frate minore, conosciutissimo luterano che disse molte cose scandalose, asserendo che «monsignor Morone avealo spedito là perchè predicasse Cristo nudo, e non tante novelle e tanti meriti»: ed esso Morone durò poi fatica a salvarlo da persecuzioni178.
      Quando fu messo legato a Bologna, il Soranso vescovo di Bergamo e monsignor Carnesecchi179, entrambi condannati poi d'eterodossia, scrissero ai fratelli di colà congratulandosi di sì bella scelta, e che non la guastassero con imprudenze. Il Morone in fatto ai Luterani di colà promise non eseguir ordini che a loro danno venissero da Roma, senza prima avvertirli; anzi professava non doversi i dissidenti perseguitare, bensì imitare Dio che potrebbe farli morire di subito, eppur li sopporta: e forse chiamiamo luterani di tali che son migliori di noi.
      Della giustificazione parlava, non come si definì a Trento, ma come erasi accordato il Contarini coi Luterani in Germania180; e de' meriti de' santi in modo, che pareva escludere l'efficacia delle opere e il libero arbitrio; dolersi che i frati volessero esaltar la Madonna più che Gesù Cristo181.