Il processo apertogli182 noi scorremmo con quello stringimento di cuore che cagiona il vedere anche allora tutte le sevizie e le arguzie che, in questi giorni di terrore e d'eccezioni, si usano sia da' denunziatori, sia dai giudici inquirenti. Questi rimuginarono attentamente tutti i libri e le carte del cardinale; e colla atroce finezza dei moderni lo chiamavano a render ragione d'ogni periodo di lettere sue e d'altrui, di note marginali, di ogni ambiguità d'espressioni, benchè in iscritture di dieci e più anni prima. Quanto agli accusatori, molti non adduceano che voci vaghe, presunzioni, il dirsi universalmente e altre frasi, nulla più attendibili che le insinuazioni degli odierni giornalisti183.
      Altre però erano accuse, come oggi dicesi, dirette: e principalmente il Pergola imputò dapprima il Morone, dappoi si ritrattò, infine sostenne di nuovo che opinava erroneamente; che fu pervertito dal Polo; che a lui diede il comando di predicar Cristo nudo.
      Altri dicevano avesse disapprovato alcune pratiche; giudicato superstizioso il prender la misura della cattedra di san Pietro, che si mette fuori nelle solennità in Vaticano184; le quali misure poi vendeansi per cingersene le donne di parto: d'aver detto che «ai Germani avevamo dato noi stessi molta causa d'esser diventati eretici, e se Roma fosse rassettata, facilmente essi potrebbero tornar alla fede»; e che il cardinale Polo «vorria levar via in gran parte la cancelleria, la penitenzieria in grandissima parte, e si facesse vescovi che sapessero predicare e che le parrocchie non si dessero a cortigiani, e si lasciasse tutta la sua giurisdizione libera a' vescovi, e si facesser uomini degni di stare al vescovado, secondo si faceva nella Chiesa primitiva».