Perocchč, sebbene Paolo IV offrisse liberarlo «per benignitą d'animo, e quand'anche gli trovasse alcuno degli errori che oggidģ possono dirsi comuni», il Morone volle che della sua innocenza constasse, e rimase in Castello quanto visse quel papa. Alla costui morte nel 1559 ottenne d'intervenire al conclave, e vi fu dichiarato innocente, annullando il processo e assolvendo anche il Sanfelice: sentenza confermata con questa di Pio IV, che fu letta dal secretario Gallio:
     
      In nomine sanctę et individuę Trinitatis Patris et Filii et Spiritus Sancti. Pius Papa IIII. Inter cęteras pastoralis curę sollicitudines nobis jugiter imminentes, illa est pręcipua, ut ad Dei gloriam et augmentum ejus fidei negocium Sanctę Inquisitionis cum omni ea (ut decet), justitia et puritate peragatur, ut scilicet contra tanti criminis reos id agatur, quod contagiosa ipsius enormitas agendum requirit, et e contra, is discretionis ordo in procedendo servetur, ne bonorum innocentia insidiis pateat malignantium, et sub pietatis specie graventur innoxii, et ne quod per circumspectam sedis apostolicę vigilantiam ad exterminationem hęreticę pravitatis salubriter est provisum, per malitiosam calumniantium iniquitatem cedat in fidelium detrimentum, et scandalum universum. Sane dudum tempore pontificatus Pauli papę IIII, prędecessoris nostri sanctę memorię, causa licet nulliter et injuste mota inter procuratorem nostrum, tunc suum fiscalem, et officium sanctę Inquisitionis actores ex una, et dilectum filium nostrum Joannem, tituli Sanctę Marię Trans Tyberim, ejusdem Sanctę Romanę Ecclesię presbiterum, cardinalem Moronum vulgariter nuncupalum parte ex altera, de et super eo, quod prętendebatur eundem Joannem cardinalem in non nullis articulis pro parte fisci et officii prędicti productis, male et aliter quam Sancta Romana et Catholica Ecclesia teneat, sensisse, rebusque aliis latius in actis causę et causarum hujusmodi deductis; Nos, post nostram ad summi pontificatus apicem divina favente clementia assumptionem, causa pręfata adhuc indecisa pendente reassumpta, eam dilectis filiis Jacobo, tituli Sanctę Marię in via de Puteo, vulgariter nuncupato I. V. D. et Michaeli, tituli Sanctę Marię supra Minervam Alexandrino summo inquisitori, sacrę theologię magistro, sanctę Romanę Ecclesię presbyteris cardinalibus ambobus in officio sanctę Inquisitionis, et a prędecessore nostro inter alios judicibus, et in hac causa a nobis specialiter deputatis, quoad ejus merita cognoscendam, et nobis referendam commisimus.