Il pontefice compensò il Moroni col metterlo presidente al Concilio di Trento; dal quale tornato e riposto vescovo di Modena, v'introdusse i Cappuccini, oltre i Gesuiti, fondò il seminario e il pio luogo Bernardino per l'educazione dei giovinetti: celebrò tre sinodi diocesani, e impetrò il perdono per molti Modenesi, affetti o sospetti d'eresia, onde toglier l'occasione di perseguitarli.
      Il Morone era amicissimo del rigido Carlo Borromeo, e con lui insistette, nel 1561, perchè Paolo Manuzio trasportasse la sua stamperia in Campidoglio in ædibus populi romani. Poco mancò fosse eletto papa dopo Pio IV nel 1566, quando invece sortì il cardinale Alessandrino, dal quale era stato processato191. In quell'occasione si racconta che esso cardinale Alessandrino, sollecitato del suo voto pel Morone, disse voler prima celebrare la messa, poi darebbe la risposta. E la risposta fu, che, per coscienza non potea farlo, atteso le accuse dategli sotto Paolo III. Aggiungesi che due del Castellaccio presso Alessandria denunziarono aver avuto larghe promesse dal Morone perchè uccidessero Pio V. Questi chiamò il Morone, senza dirgliene nulla, e in presenza di esso fe comparire i due, i quali confessarono avere finto per isperanza di un premio.
      Il Morone poi morì a Roma il 1580; ed una sua vita per Giovanni Giorgio Frickio professore a Ulma è inserita nel tomo xii delle Amœnitates literariæ dello Schœlhorn, con gran pompa delle imputategli eresie.
      Di simil passo andò la cosa con Egidio Foscarari, domenicano bolognese dotto quanto pio, e che divenuto vescovo di Modena, profondeva ai poveri non solo la rendita, di non più di mille ducati, ma quanto avea di suo o raccoglieva da altri.