A trar il quale a compimento, principale impegno egli pose, e fece che il papa ne ordinasse la riunione al 29 novembre 1560; ma le tornate si cominciarono solo al 18 gennajo del 1562, per finirle il 3 dicembre dell'anno successivo: al 26 gennajo 1564 usciva la bolla di conferma. Ed è questo il Concilio più famoso della cristianità, e insieme la scuola più ricca della diplomazia ecclesiastica, comprendendo teologi di prima forza, ambasciadori di tutte le nazioni, varietà di pontefici, mutazione di politica dell'imperatore verso la Chiesa, della Chiesa verso l'Impero e d'entrambe verso le nazioni, e una pubblica giurisprudenza liberale215.
      Quante fatiche per far accettare, da gente rivoltosa, un'autorità senza appello, che parla e dev'essere creduta, che ordina e va obbedita! Fra i tanti, spediti ad invitare i principi massimamente di Germania, segnalossi il veneziano Gianfrancesco Comendone, limpido dicitore, abilissimo negli affari più avviluppati e meno attesi, nè «la Corte romana ebbe mai ministro più illuminato, più attivo, più disinteressato e fedele: condusse a termine con rara perizia negoziati rilevantissimi in tempi difficili; procacciossi l'amicizia de' principi senza condiscendere alle passioni e agli errori di essi; infaticabilmente adoprò ad assodar la fede e la disciplina della Chiesa, e con senno e fermezza si oppose alle rinascenti eresie»216; nunzio in Inghilterra, in Polonia, in Moscovia, poi ad Augusta; i suoi viaggi sono leggiadramente descritti da Annibal Caro, al quale fu amicissimo, come a Paolo Manuzio, a Basilio Zanchi, al Sirleto, ai migliori d'allora.