Di somma difficoltà riusciva il ridur l'imperatore Ferdinando a contentarsi che non sì spingessero le riforme sin dove egli avrebbe amato per quetare i suoi Tedeschi, e perciò mostrare ch'egli avesse ottenuto soddisfazione, senza per questo derogare ai diritti de' legati o del pontefice. A tal uopo il Morone che, come presidente, ebbe tanto a faticare su tali pretensioni, senza il solito treno burocratico va ad Innspruck, s'affiata coll'imperatore, e ripiana ogni cosa. In simile modo il cardinale di Guisa propose un abboccamento fra il papa e il re di Francia e quel di Spagna, che tolse di mezzo altre difficoltà. Allora potè procedersi in sei mesi, più che non si fosse fatto in molti anni, e si ottennero le tanto contrastate riforme de' vescovi, de' cardinali, della curia, de' principi.
      Poi rampollavano difficoltà sulle espressioni: chi non le credeva grammaticalmente latine, chi troppo ricercate per la gravità delle materie, chi invece troppo disadorne per un secolo che «prendeva a schifo la dottrina se non era condita in eleganza, sicchè molti letterati aveano minor affezione alle verità celestiali per vederle fra le invoglie grossolane della rozzezza scolastica»; sottentravano gli emendamenti, e il sofisticare ogni parola, come quando non si volea chiamare augustissimo il sacramento perchè questo titolo si dà agli imperatori secolari.
      Non occorre ripetere che i Protestanti, i quali avean prima appellato al Concilio, or lo repudiavano come non indipendente, come pregiudicato; e i profughi d'Italia lo osteggiavano di tutta forza.