Al commercio dei libri si vigili con cautele rigorose; non si tengano Bibbie vulgari, nè opere di controversia cogli eretici, senza licenza; non si lascino andar i fedeli ne' paesi ereticali, nemmeno a titolo di mercatura o d'imparare la lingua; si favorisca in ogni modo il sant'Uffizio. Istituì gli Oblati di sant'Ambrogio, preti con voto di speciale obbedienza all'arcivescovo, perchè accudissero alle parrocchie più faticose e povere, e dessero esercizj e missioni, e istruissero i giovani ne' seminarj. I frati Umiliati, arricchitisi colle manifatture della lana, possedeano nel solo Milanese novantaquattro case, capaci di mantenere cento frati ciascuna, e non ne conteneano due; onde quelle rendite di venticinquemila zecchini, godute da pochissimi, erano fomite di schifosa depravazione. Carlo volle ridurli a disciplina, ma un di essi gli sparò una fucilata; di che il papa prese ragione per abolire l'Ordine, e delle rendite di esso dotare collegi e seminarj, massime di Gesuiti.
      Traversando la val Camonica, ove da alcun tempo non si pagavano le decime, Carlo non dà la benedizione, e que' popolani ne restano sgomenti; nella valle retica della Mesolcina fa processare severamente eretici e maliardi280: illusioni che (al par di certe esorbitanti pretese di giurisdizione, come d'avere forza armata a sua disposizione, di far eseguire le sentenze della sua curia anche contro laici281 i quali non vivessero da buoni cristiani) vorremo perdonare ai tempi, piuttosto proclamando come profondesse ogni aver suo coi poveri, e a sovvenire di corporale e spirituale assistenza gl'infermi d'una terribile peste allora scoppiata, e che oggi ancora in tutta Lombardia è intitolata peste di san Carlo: tanto prevalse l'idea della carità a quella del disastro.