Vinti dopo sette secoli di lotta i Mori, ne restavano reliquie e fautori e falsi convertiti che tramavano coi nemici del paese e della religione; onde a reprimerli si ricorse ai rigori eccezionali che anch'oggi vediamo praticarsi in paesi conquistati, o domi recentemente. S'istituirono dunque tribunali che perseguitassero i Mori come nemici della nazione, e insieme vigilassero sulla credenza vera, punendo i travianti non solo come eterodossi, ma come rei di lesa nazionalità.
      Questo «Sant'Uffizio dell'Inquisizione», tribunale marziale contro i residui della dominazione straniera, trascese come fan sempre le nazionali vendicazioni. Espulse da esso, migliaja di famiglie moresche approdarono a Genova e ad altri porti d'Italia in tale sfinimento, che molti soccombettero alla fame e al freddo, costretti sin a vendere i figliuoli per pagare il naulo; e diffusero qui il morbo marano. Anche molti ebraizzanti di Spagna e di Portogallo erano rifuggiti in Savoja, a Genova, in Toscana, a Venezia, a Ferrara, a Mantova, ad Urbino, e Gregorio XIII ammoniva que' governi a provedervi e vigilarli314.
      Sisto IV, al primo momento che re Fernando il Cattolico introdusse il Sant'Uffizio, ne manifestò così forte disgusto, che non solo respinse, ma arrestò l'ambasciatore spagnuolo; onde a vicenda il Cattolico arrestò il suo, e richiamò i suoi sudditi dagli Stati pontifizj. Sisto da poi piegò, come sono spesso costretti a fare i pontefici, e confermò il Sant'Uffizio nel 1478; ma tocco dai lamenti che gli pervenivano sulla durezza de' primi inquisitori, dichiarò surretizia quella bolla, ammonì essi inquisitori, e determinò non procedessero se non d'accordo coi vescovi, nè si estendesse il Sant'Uffizio alle altre provincie del regno; destinò un giudice d'appello papale, a cui potessero gravarsi i maltrattati; e molte sentenze cassò o addolcì. Per quanto esso Ferdinando e sua moglie Isabella e il loro successore Carlo V procurassero eludere quest'intervenzione della Santa Sede, resta memoria di condannati, a cui quei giudici fecero restituire o i beni o l'onor civile, cercarono salvarne almeno i figliuoli dall'infamia e dalla confisca, e spesso imposero agli inquisitori d'assolvere in segreto alcuni accusati, per sottrarli alle pene legali e alla pubblica ignominia.