Dopo questo anno delle grandi procedure contro gli eretici in Ispagna più non vi si trovano Protestanti nel vero senso, e l'Inquisizione si esercitò contro Ebrei, Mori, relapsi, streghi. Ma la potenza sua crebbe a segno, da valer più che l'autorità di Roma: antagonismo che si manifestò principalmente nel processo contro Bartolomeo Carranza. Questo domenicano, arcivescovo di Toledo, adoprato da Carlo V in ufficj gravissimi, massime in Inghilterra, avea mostrato gran fervore contro gli eretici: primeggiò al Concilio di Trento, da cui ebbe incarico di redigere il catalogo de' libri proibiti. L'ingegno e l'altezza del posto gli attirarono l'invidia, e l'accusa allora comune di opinioni ereticali; pel quale sospetto, Carlo V mal l'accolse quando andò nel ritiro suo di San Giusto a prestargli l'ultima assistenza. Pure narrarono ch'e' lo confortasse a fidare unicamente ne' meriti di Cristo: e dopo spirato, recitò il De profundis, a ogni versetto facendo un commento; preso quindi il Crocifisso, esclamò: «Ecco quello che tutti ci ha salvati; ogni cosa è perdonata per merito suo, e più non v'è peccato».
      Di tali espressioni, quasi escludessero la cooperazione dell'uomo e l'intercessione dei santi, fu imputato, e il 22 agosto 1559, chiuso nelle carceri del Sant'Uffizio a Valladolid, cui presedeva il grand'inquisitore Valdes. Già il Sant'Uffizio avea messo all'indice i Commenti sul catechismo cristiano, scritti da esso, benchè dedicati a Filippo II e approvati da una commissione del Concilio di Trento; i cui membri, non osando resistere a quel tribunale, ritrattarono il datovi assenso.