Pio IV, per quanto rigoroso, credette in ciò si procedesse troppo severamente, e ne avocò la causa a Roma. Filippo II geloso delle prerogative dell'Inquisizione, protestò non lascerebbe mai giudicarne fuori di Spagna. Il papa spedì un legato a latere con due altri giudici che assumessero quell'esame, ma gli inquisitori seppero trar in lungo finchè il santo papa Pio V scrivendo lettere sopra lettere per lagnarsi di non esser tenuto informato sul processo di personaggio di sì gran conto, e minacciando la scomunica a Filippo II, che persisteva sul niego, riuscì a trar l'accusa a Roma il maggio 1567. Quivi alloggiò il Carranza in Castel Sant'Angelo: delegò quattro cardinali, quattro vescovi, dodici teologi e dottori a vagliarne la causa, e non dissimulava nè la sua collera verso gl'inquisitori, nè la riconoscenza pei servigi resi dal Carranza alla Chiesa: e non che proibirne il catechismo, diceva che, un po' poco che lo spingessero, e' l'approverebbe di moto proprio.
      La frivolezza odierna n'ha bel tema d'invettive contro i tribunali ecclesiastici. La storia imparziale riflette che, in procedura sì lunga, estesa, complicata, non è possibile veder un mero intrigo, e total mancanza di titoli. Il Carranza nel 1539, come qualificatore della Inquisizione, assistette al capitolo generale de' Domenicani in Roma, ove fu amico del Flaminio, del Carnesecchi e di altri sospetti. Fra le sue carte fu trovata una lettera del Valdes, ove, parlando degli interpreti della sacra scrittura, professava che non bisogna appoggiarsi sui santi Padri per intenderla; che possiamo esser certi della nostra giustificazione, e la giustificazione si ottiene mediante la fede viva nella passione e morte di Nostro Signore.