Se ne' suoi scritti con somma franchezza espone i vizj dominanti senza riguardo a persone, forse procedeva più esplicito nel parlare; Filippo II, già suo amorevole, gli divenne avversissimo: se il processo potea temersi pregiudicato in Ispagna, eccolo trasferito a Roma.
      Ma per tradur in latino tutta l'informativa e per raccogliere le notizie non si richiesero meno di tre anni, poi altri in domande e risposte, e solo Gregorio XIII nel 1576 pronunziò definitiva sentenza. Il Carranza, a ginocchi davanti al papa e ai prelati, fece abjura generale delle dottrine ereticali, e ritrattò quattordici proposizioni mal sonanti ne' suoi libri; fu confermata la proibizione del suo catechismo; egli, sospeso dalle funzioni vescovili, starebbe cinque anni a Orvieto in un convento del suo Ordine, e visiterebbe le sette basiliche di Roma; ma pochi giorni dopo, al 2 maggio 1576, moriva di settantatrè anni, dichiarando non avere il minimo rimorso di sentimenti contro la fede; eppure non imputando d'ingiusta la sentenza del pontefice; il quale gli facea splendidissime esequie, e un sontuoso monumento con iscrizione d'illimitate lodi321. Sicchè non resta che a deplorare la condizione tristissima ma inevitabile de' giorni di rivoluzione e di paura. Del resto i re di Spagna d'allora badavano agli ammonimenti del papa quanto gli odierni al sillabo: onde sarebbe strano l'imputar ad esso quelle procedure quanto l'attribuir al pontefice odierno i nostri errori sull'usura, sul matrimonio, sulla servitù della Chiesa.