Poi, spintovi dall'imperatore, desolato degli scompigli causati in Germania dalla Riforma, e delle concessioni a cui avea dovuto calare, e anche dal desiderio di deprimere la nobiltà, s'industriò impiantare nel regno di Napoli l'Inquisizione spagnuola (1546). E prima per mezzo del cardinale Borgia suo parente indusse Paolo III a vietare ai laici di trattar di cose di religione, ed a spedire commissarj che istituissero qualcosa di simile al Sant'Uffizio. Il vicerè vi diede l'exequatur, ma non fece pubblicare la bolla a suon di tromba e nelle prediche, come di costume; e solo affiggere all'arcivescovado; intanto fra le piazze insinuando che nulla v'avea di che sgomentarsi, che non veniva dal governo bensì dal papa, senz'altro fine che di sbrattare la città se qualche eretico vi fosse.
      Il popolo, sospettando di mala fede il Toledo, levò rumore, e non valendo le rimostranze, mandate a Pozzuoli per mezzo di Antonio Grisone, insorse gridando arme, strappando i cedoloni, surrogando agli Eletti del popolo altri più creduti: i nobili vi si mescolano, aizzandoli e chiamando fratelli i plebei, come si suole nelle insurrezioni, e ripudiano l'Inquisizione al grido di «Viva la santa fede», come la ripudiavano gli Aragonesi al grido di «Viva la libertà». Il Toledo risoluto di venirne a capo col terrore, esclamava: «Perdio, che a costoro dispetto porrò il tribunale dell'Inquisizione in mezzo del mercato»; e citò davanti al reggente della vicaria i capipopolo, che erano Tommaso Anello sorrentino, plebeo della piazza del Mercato, e Cesare Mormile, nobile di Porta Nuova; ma tal folla gli accompagnò, ch'egli dovette dissimulare, e lasciare che in groppa alla chinea di Ferrante Carafa e di altri signori, fossero portati in trionfo alle varie piazze: onde rassicurare e ammansire la plebe, mandò il marchese Caracciolo a quietare coll'occhio e col volto: intanto egli, dando buone parole e promettendo che, vivo lui, mai non s'introdurrebbe tal tirannia, chiamava truppe.