Nè Pio V, nè Gregorio XIII vollero consentirgli la domanda; Sisto V all'imperatore Rodolfo II, che glielo raccomandava, rispose il 26 marzo 1587, che non son poche nè leggiere le incriminazioni per le quali esso fuggì d'Italia, colla qual fuga crebbe gl'indizj: non esser possibile farne il processo, così lontano dai testimonj: pure, se egli confessi le colpe e abjuri gli errori, manderà facoltà di assolverlo. Intanto avverte l'imperatore che disconviene dalla virtù e pietà sua il tener a servigio del suo corpo un uomo sospetto d'eresia e per questa fuoruscito334.
      In Napoli, delle persone che aveano frequentato le conversazioni di Vittoria Colonna e di Giulia Gonzaga335 molte furono citate al vicario dell'arcivescovo; e Giovanni Francesco d'Alviso di Caserta, e Giovanni Bernardino di Gargano d'Aversa decapitati ed arsi, e confiscati i loro beni nel 1564, in onta del privilegio di Giulio III. Se n'empì di sgomento la città; molti migrarono: le piazze inviarono al duca d'Alcala vicerè onde sincerarsi se rivivesse il disegno di istituire l'Inquisizione spagnuola. Furono assicurati del no; sicchè, dice il sempre servile Giannone, cessò ogni sospetto d'Inquisizione; restando i Napoletani contentissimi della benignità e clemenza del re336.
      Ove si noti che i Napoletani non ricusavano l'inquisizione ordinaria esercitata dai vescovi: anzi nel seggio di Capuana è detto337: «Si faccia deputati, con ordine che devano andare a ringraziare monsignor arcivescovo illustrissimo delle tante dimostrazioni fatte contro gli Eretici e gli Ebrei, e supplicarla che voglia esser servito di far intendere a sua beatitudine la comune soddisfazione che tiene tutta la città, che questa sorte di persone sieno del tutto castigate ed estirpate per mano del nostro Ordinario, come si conviene; come sempre avemo supplicato, giusta le norme de li canoni, e senza interposizione di Corte secolare, ma santamente procedano nelle cose di religione tantum».