Egli cacciò di Sicilia i Musulmani: ma come ausiliarj opportuni perchè non ispaventati da scomuniche papali, li radunò a Nocera de' Pagani presso Napoli. Da lui fu stabilita in Sicilia l'Inquisizione fra il 1216 e il 1224, e l'archivio se ne conservava nel Castellamare di Palermo, ma andò bruciato nel 1590 in un incendio che causò la morte di cinquecento persone. Poi nel secolo passato il vicerè Caracciolo, distruggendo il Sant'Uffizio, fe gettarne al fuoco quante carte rimanevano: altre perirono negli incendj che la guerra causò a Messina nel 1848, a Palermo nel 1860.
      Così ci furono sottratte molte notizie, ma sappiamo che, quando l'isola fu annessa alla Spagna nel 1479, Francesco Filippo de Barberis inquisitore, andò a domandare a Fernando e Isabella la conferma del diritto concesso dall'imperatore Federico II agli inquisitori di appropriarsi un terzo dei beni confiscati agli eretici.
      Frate Antonino da Rega domenicano, venne inquisitore348 a Palermo nel 1487, e dinanzi agli altari dovettero giurargli obbedienza, il vicerè, il municipio, gli uffiziali regj. Nel 1513 il Sant'Uffizio ottenne molte delle attribuzioni di quello di Spagna; del resto in Sicilia l'autorità papale era demandata ai re, in grazia della famosa Legazione siciliana349, sicchè non potea da Roma venir opposizione.
      Numerosi Ebrei dimoravano in Sicilia, tollerati fin quando Fernando il Cattolico, al 21 gennajo 1492, fe pubblicare anche colà il decreto che li sbandiva, e pretendono che un decimo degli abitanti dell'isola migrassero allora350: ma dovettero pagare tanto capitale, che fruttasse quanto le tasse che soleano tributare annualmente.